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Até Agosto de 1975, Portugal liderou o processo de auto-determinação de Timor-Leste, promovendo a formação de partidos políticos tendo em vista a independência do território. Quando as forças pró-indonésias atacam as forças Portuguesas no território, estas são obrigadas a deixar a ilha de Timor. Dá início à Guerra Civil entre a FRETILIN (Frente Revolucionária de Timor-Leste) e as forças pró-Indonésias. A FRETILIN saiu vitoriosa da guerra civil e proclamou a independência a 28 de Novembro do mesmo ano (1975), o que não foi reconhecido por Portugal. A proclamação da independência por um partido de tendência Marxista levou a que a Indonésia invadisse Timor Leste. Em 7 de Dezembro, os militares indonésios desembarcavam na capital Díli, ocupando brevemente toda a parte oriental de Timor, apesar do repúdio da Assembleia-Geral e do Conselho de Segurança da ONU, que reconheceram Portugal como potência administrante do território.

A ocupação militar da Indonésia em Timor-Leste fez com que o território se tornasse a 27.ª província indonésia, chamada "Timor Timur". Uma política de genocídio resultou num longo massacre de timorenses. Centenas de aldeias foram destruídas pelos bombardeios do exército da Indonésia.

A visita do Papa João Paulo II a Timor-Leste, em outubro de 1989, foi marcada por manifestações pró-independência que foram duramente reprimidas. No dia 12 de Novembro de 1991, o exército indonésio disparou sobre manifestantes que homenageavam um estudante morto pela repressão no cemitério de Santa Cruz, em Díli. Cerca de 200 pessoas foram mortas no local. Outros manifestantes foram mortos nos dias seguintes, "caçados" pelo exército da Indonésia.

A causa de Timor-Leste pela independência ganhava repercussão e reconhecimento mundial… aumentava a pressão para que a independência fosse feita através de uma solução negociada.

Em 1999, os governos de Portugal e da Indonésia começaram, então, a negociar a realização de um referendo sobre a independência do território, sob a supervisão de uma missão da Organização das Nações Unidas. No mesmo período, o governo indonésio iniciou programas de desenvolvimento social, como a construção e recuperação de escolas, hospitais e estradas, para promover uma boa imagem junto aos timorenses.

No dia 30 de agosto de 1999, mais de 98% da população timorense foi às urnas para votar na consulta popular, e o resultado apontou que 78,5% dos timorenses queriam a independência.

Uma lei indonésia aprovava milícias que “defendessem” os interesses da nação, em Timor-Leste, e então, homens armados mataram nas ruas todas as pessoas suspeitas de terem votado pela independência. Milhares de pessoas foram separadas das famílias e colocadas à força em caminhões, cujo destino ainda hoje é desconhecido (muitas levadas a Kupang, no outro lada da ilha de Timor, pertencente a Indonésia). A população começou a fugir para as montanhas e buscar refúgio em prédios de organizações internacionais e nas igrejas. Os estrangeiros foram evacuados, deixando Timor entregue à violência dos militares e das milícias indonésios.

A ONU decide criar uma força internacional para intervir na região. Em 22 de setembro de 1999, soldados australianos sob bandeira da ONU entraram em Díli e encontraram um país totalmente incendiado e devastado. Grande parte da infra-estrutura de Timor-Leste havia sido destruída e o país estava quase totalmente devastado. Xanana Gusmão, líder da resistência timorense, foi libertado logo em seguida.

Em abril de 2001, os timorenses foram novamente às urnas para a escolha do novo líder do país. As eleições consagraram Xanana Gusmão como o novo presidente timorense e, em 20 de Maio de 2002, Timor-Leste tornou-se totalmente independente.